哲學系原為哲學研究所（碩士班），成立於民國八十二年，由洪裕宏教授擔任第一任所長。設所之規劃考量當時台灣最優秀之哲學人力，擬訂教學與研究方向，以發展與心(mind)和認知(cognition)有關的哲學研究為重點，就認知科學的基礎、心靈哲學、心理學的哲學、人工智慧的哲學問題、語言哲學與科學哲學等領域，規劃碩士班學程。

設所後第三年開始，本所另增道德哲學、法政哲學之研究、教學重點，積極延攬該領域之師資。發展迄今，該領域之重點研究，和本所既定之心與認知的哲學研究一樣，已儼然成為國內相關領域眾所矚目的重鎮。

設所第四年，本所為了更有效積極培育、造就未來之哲學專業人才，乃提出設立哲學系之計畫。此外，哲學研究所過去訂定的研究、教學重點乃具有高度整合性，可以促成許多跨學科的研究組合；因此，若擴增為哲學系，將更有效帶動中正大學乃至於國內相關學界之學術合作，進而形成各種具有前瞻性、創新潛力的研究主題，以及致力於該主題之研究的學術網絡。本所順利於民國八十七年八月一日正式設立哲學系，由戴華教授擔任第一任系主任。